She
「彼女」という女性を指します。
was
「~だった」という過去の状態を表します。be動詞の過去形です。
a rogue agent
組織や集団から離れて行動する「エージェント」一人を指します。
working
「働いている」という動作を表します。work(働く)の現在分詞です。
outside of
「~の外で」「~の範囲外で」という場所や範囲を表す句です。
the agency's control
「その組織の支配」「その組織の管理」を指します。agency(組織、機関)の所有格とcontrol(管理、支配)です。