In historical novels
「歴史小説では」という意味です。
the protagonist
「主人公」を指します。
often struggles
「しばしば苦しむ」という意味です。
with the stigma
「汚名と」という意味です。
of being a kept woman
「囲われた女性であることの」という意味です。
in a society
「社会において」という意味です。
that valued marriage above all
「結婚を何よりも重んじた」という意味で、先行するsocietyを修飾しています。