The injury was tough,
「その怪我は大変だった」という意味です。「The injury」は「その怪我」、「was tough」は「大変だった」「辛かった」です。
but spending time recovering
「回復のために時間を過ごすこと」という意味です。「spending time」は「時間を過ごすこと」、「recovering」は「回復すること」です。
was a silver lining
「希望(良い面)だった」という意味です。「was a silver lining」は「希望(良い面)だった」です。「silver lining」は困難の中の良い側面を指します。
as it gave me a chance to rethink my goals.
「それが私に目標を再考する機会を与えたので」という意味です。「as」は理由を表し、「it gave me a chance」は「それが私に機会を与えた」、「to rethink my goals」は「私の目標を再考すること」です。