The train
「その列車」。特定の列車を指します。
was delayed
「遅延していた」。過去の受動態で、列車が遅れた状態を表します。
but surprisingly
「しかし驚くことに」。逆接の接続詞と副詞で、予期せぬ状況に対する驚きを表します。
it
「それ」。列車を指す代名詞です。
ended up
「結局～することになった」。最終的な結果や結末を表す句動詞です。
departing prematurely
「予定より早く出発する」。動名詞形で、計画より早く出発したことを意味します。
by a few minutes
「数分」。時間の差を示す前置詞句です。