Theobroma cacao
チョコレートやココアの原料となる「カカオの木」を示す学名です。
is
「〜である」という存在や同一性を示します。
the scientific name
「学名」を意味します。生物の分類学上の正式名称です。
for the tree
「その木のための」という意味で、特定の種類の木を指します。
that produces
「〜を生産する」という動詞句で、先行詞である「木」が何をするのかを説明します。
cocoa beans
「ココア豆」を意味します。カカオの木の実から取れる豆です。