There was
「~があった」という意味で、存在を示します。
a visible
「目に見える」という意味で、痕跡がはっきりしていることを示します。
rubbing
「擦り傷」「擦り跡」という意味で、摩擦によって生じた跡を指します。
on the paintwork
「塗装面に」という意味で、痕跡がある場所を示します。
where the branch
「枝が~した箇所で」という意味で、痕跡の原因となったものが枝であることを示します。
had scraped
「擦っていた」という意味で、過去に枝が塗装面を擦った動作を示します。