1.
曖昧だったり捉えどころがなかったりする物事について、それが具体的に何であるか、あるいはその原因や正体を正確に特定したり指摘したりする。
この表現は、何か漠然とした違和感や問題、あるいは理解しきれていない事柄について、「これだ！」と核心を突いて具体的に特定する様子を表します。例えば、歌を聴いて知っているメロディーなのに誰の歌か思い出せないときや、ある状況に違和感を感じるがそれが具体的に何なのか分からないときなどに使われます。直訳すると「指を置く」ですが、慣用句として「正確に指摘する」「正体を突き止める」という意味になります。
Something
is
wrong,
but
I
can't
quite
put
my
finger
on
it.
(何かがおかしいんだけど、それが具体的に何なのかがはっきり分からないんだ。)
Something
何か、あること。
is wrong
間違っている、おかしい、問題がある状態である。
but
しかし、けれども、逆接を表す接続詞。
I
私、一人称単数。
can't
～することができない（cannotまたはcan notの短縮形）。
quite
全く、完全に、かなり。
put my finger on it
それが具体的に何であるか正確に特定する、原因や理由をはっきりさせる、ぴんとくる、といった意味を持つ慣用句。
Ah,
now
I
can
put
my
finger
on
it!
(あ、やっとぴんと来た！それが何なのか分かった！)
Ah,
ああ、という驚きや理解を表す間投詞。
now
今、ちょうど今。
I can
私は～できる。
put my finger on it
それが具体的に何であるか正確に特定する、原因や理由をはっきりさせる、ぴんとくる、といった意味を持つ慣用句。
!
驚きや強調を表す感嘆符。
Can
you
put
your
finger
on
why
the
system
is
failing?
(なぜシステムがうまく動かないのか、具体的に原因を特定できますか？)
Can
～できる、能力や可能性を表す助動詞。
you
あなた、二人称。
put your finger on
～が具体的に何であるか正確に特定する、～の原因や理由をはっきりさせる、といった意味を持つ慣用句の一部（この場合は対象がit以外になっている）。
why
なぜ、理由を尋ねる疑問詞。
the system
そのシステム。
is failing
失敗している、機能不全を起こしている（進行形）。
?
疑問を表す疑問符。
2.
（あまり一般的ではないが）何かを物理的に指差す、触れる。
文字通り指を何かの表面に置いたり、特定の場所や物を指差したりする物理的な動作を表します。地図上の地点や文章中の単語などを具体的に示す際に使われます。ただし、「原因を特定する」という意味合いの方が一般的です。