at bottom

/æt ˈbɑːtəm/ アット ボトム

1. 根本的には、本質的には、結局のところ

物事の表面的な部分ではなく、その根底にある真実や本質的な側面を表現する際に使われます。最終的な結論や隠された事実を示すニュアンスがあります。
He may seem rude, but at bottom, he's a very kind person. (彼は失礼に見えるかもしれませんが、本質的にはとても親切な人です。)

2. 心の奥底では、根は

人の表面的な振る舞いや見せかけとは異なる、内面の真の性格や感情を示す際に使われます。しばしば、その人の隠れた良い面を強調する文脈で用いられます。
She pretends to be tough, but at bottom, she's very sensitive. (彼女は強いふりをしているが、根はとても繊細だ。)