Setting up
「~を設定する」「~を構築する」という意味の動名詞です。
FTPS
ファイル転送プロトコルに暗号化を追加したものです。
usually
「通常」「たいてい」という意味の副詞です。
involves
「~を含む」「~を伴う」という意味です。
configuring
「~を構成する」「~を設定する」という意味の動名詞です。
SSL/TLS certificates
「SSL/TLS証明書」という暗号化に使われるデジタル証明書を指します。
on the server
「サーバー上で」「サーバーに」という意味です。