The program
「そのプログラム」を指し、コンピューターソフトウェアのことです。
cannot open
「~を開くことができない」という不可能性を表します。
the working file
「その作業ファイル」を指し、現在処理中のファイルです。
because
「なぜなら」「~なので」という理由を表す接続詞です。
it is already in use
「それはすでに使用中である」という状態を示します。
by another application
「別のアプリケーションによって」という行為の主体を示します。