subtle issue

/ˈsʌtəl ˈɪʃuː/ サトゥル イシュー

1. 表面からは見えにくい、あるいは感受性が求められる問題点。

明確には捉えにくく、注意深く観察したり、深い洞察力を持って初めて理解できるような問題や課題を指します。直接的ではないため、対応が難しいことがあります。
There's a subtle issue with the new software update that's causing intermittent crashes. (新しいソフトウェアのアップデートに、断続的なクラッシュを引き起こす微妙な問題があります。)
関連
delicate matter
implicit challenge