It
そのことを指します。ここでは、勝利につながった「巧妙な計画」のことです。
was
「~だった」という過去の状態を表します。
a brilliant stratagem
「素晴らしい戦略」という意味です。brilliantは「素晴らしい」、stratagemは「策略、戦略」を指します。
that won them the game
「それによって彼らは試合に勝った」という意味です。thatは先行詞のstratagemを指し、won them the gameはそのstratagemがもたらした結果を示します。