The course
「そのコース」という意味で、特定の授業や講座を指します。
covers
「~を網羅する」「~を扱う」という意味です。
various aspects
「様々な側面」という意味です。
of physical geography
地球の自然環境を研究する地理学の分野を指します。
including
「~を含めて」という意味の前置詞です。
soils
「土壌」という意味で、地面の表層部分を指します。
and vegetation
「そして植生」という意味で、ある地域の植物の総体を指します。