The organization
「その組織」を指します。
disavowed
「～を否認した」「～との関係を否定した」という意味で、組織が特定の行動に責任がないことを公に宣言することを表します。
the actions
「その行動」「その行為」を指します。
of its rogue members
「その組織の不正なメンバーの」という意味で、誰の行動を否認したのかを示します。'rogue'は「不正直な」「悪党の」といった意味合いです。
stating they did not reflect their values
「それらが自分たちの価値観を反映していないと述べた」という意味で、否定の理由や補足説明を付け加えます。