The complex instructions
「その複雑な指示」という具体的な物事を指します。
were
「～であった」という過去の状態を表すbe動詞の過去形（複数形）です。
eventually
「最終的に」「やがて」という意味で、長い時間がかかったり紆余曲折があったりした後に何かが起こることを示します。
comprehended
「理解された」「把握された」という意味で、動詞comprehendの過去分詞です。ここでは受動態の一部として使われています。
by the team
「そのチームによって」という意味で、誰や何がその行動や状態を引き起こしたかを示します。