Differences
違い(複数形)という意味です。
in
~の中に、~においてという意味です。
inferred
予測された、推定されたという意味です。
amino acid sequences
アミノ酸配列(複数形)という意味です。
can indicate
~を示し得る、~の可能性があるという意味です。(canは可能、indicateは示す)
functional variations.
機能的な違い、機能的バリエーション(複数形)という意味です。(functionalは機能的な、variationsは違いの複数形)