You should apply
あなたは適用すべきである、という意味です。「should」は〜すべきである、「apply」は塗る、適用する、という意味です。
a systemic fungicide
浸透性殺菌剤を意味します。「systemic」は（植物体などに）浸透性の、という意味です。
to protect
保護するために、という目的を表します。「protect」は保護する、守るという意味です。
your roses
あなたのバラを意味します。「roses」はバラの複数形です。
from black spot
黒点病から、という意味です。「black spot」は植物の病気の一つである黒点病を指します。