microbe

ˈmaɪkroʊb マイクロウブ

1. 肉眼では見えない微小な生物。細菌、ウイルス、菌類、原生動物などが含まれる。

肉眼では見ることができない、非常に小さな生物全般を指す際に使われます。土壌、水、空気、私たちの体内など、あらゆる場所に存在します。
Soil is full of beneficial microbes. (土壌は有益な微生物でいっぱいです。)

2. 病気の原因となる微生物、特に細菌やウイルスなど。

特に病気や腐敗の原因となる、ネガティブな意味合いで使われることもあります。この場合、「病原菌」「雑菌」といったニュアンスになります。
Wash your hands to avoid microbes. (微生物(病原菌など)を避けるために手を洗いなさい。)