microorganism

/ˌmaɪkroʊˈɔːrɡənɪzəm/ マイクロオーガニズム

1. 肉眼で見ることができない、非常に小さな生物。

肉眼では見ることができず、顕微鏡などを使って初めて観察できる非常に小さな生物全般を指す言葉です。細菌、古細菌、原生動物、微細藻類、酵母などが含まれます。
Bacteria are microorganisms. (バクテリアは微生物です。)

2. 生物学、特に微生物学の分野で研究される、微小な生命体。

生物学、特に微生物学という学問分野において、細胞構造を持ち、単独で、あるいは細胞の集団として存在する微小な生命体を指す専門用語として使われます。病原体や発酵に関わるものなど、様々な種類があります。
We study microorganisms in biology. (私たちは生物学で微生物を研究します。)