We
一人称複数。「私たちは」という意味です。
had
「have」(持つ、経験する)の過去形です。
to rebuild
「再構築する必要があった」という意味です。「rebuild」は「再建する」という意味です。
the project
「そのプロジェクト」を指します。
from scratch
「何もない状態から、最初から」という意味のイディオムです。ここでは、これまでの作業が無駄になり、最初からやり直すことになったニュアンスです。
after
時間を表す前置詞/接続詞。「~の後で」という意味です。
the system failed.
「システムが失敗した」という意味です。