The company
「会社」を意味する名詞句。特定の事業を行う組織や団体を指します。
had
「持っていた」という意味の動詞haveの過去形。ここでは「提出させた」という意味合いで使われています(使役)。
to
ここではto不定詞を作るための前置詞で、「~しなければならない」という意味合いを加えます。
submit
「提出する」という意味の動詞。この文脈では、会社が書類を提出する義務があったことを示します。
the documents
「書類」を意味する名詞句。契約書、報告書、申請書など、特定の目的のために作成された文書を指します。
by
「~までに」という意味の前置詞。期日や締め切りを示す際に使われます。
the deadline
「締め切り」を意味する名詞句。何かを完了させるべき最終期日を指します。