The first proposal
「最初の提案」という意味で、複数の提案のうち最初に提出されたものを指します。
was rejected
「却下された」「不採用になった」という意味で、提案などが受け入れられなかったことを示します。
so that's
「だからそれは~だ」という意味で、先行する状況の結果や結論を示します。
strike one
比喩的に、何かの試みにおける最初の失敗や問題点を指します。
but we have
「しかし私たちにはある」という意味で、前の状況とは対照的に、まだ何かを持っていることを示します。
two more chances
「あと2回のチャンス」という意味で、さらなる試行の機会があることを指します。