1.
それ(it)が何かを持っている、所有している状態を表します。
三人称単数主語である「it」やそれに相当するものが、物理的な所有、あるいは性質や特徴を備えている状態を指す場合に使われます。「have」の三人称単数現在形が「has」です。
2.
それ(it)が何かを含んでいる、内部に持っている状態を表します。
容器や場所などが、内部に何かを収納している、構成要素として何かを含んでいる状態を指す場合に使われます。
The
box
has
three
apples
inside.
(その箱にはリンゴが3つ入っています。)
The box
その箱
has
入っています(含んでいます)
three apples inside.
中に3つのリンゴ