Wegener's
ウェーゲナー氏の、ウェーゲナーに関する、という意味で、所有格を示します。
ideas
考え、着想、アイデアという意味です。ここでは大陸移動説に関連する考えを指します。
were initially
「~であった」という過去形と「当初は、最初は」という意味の副詞です。
met with
~に遭遇した、~に直面したという意味の熟語です。
skepticism
懐疑、疑いの念という意味です。
by the scientific community
科学界によって、という意味です。「by」は行為者を示し、「scientific community」は科学界を指します。