Certain chemical reactions
特定の化学反応のこと。Certain (特定の) chemical (化学的な) reactions (反応)。
are transformative
変形作用がある、という意味。are (~である) transformative (変形作用がある)。複数形なのでare。
to the original substances
元の物質に、元の物質に対して、という意味。to (~に、~に対して) the original (元の) substances (物質 - 複数形)。