Intelligence agencies
国家の安全保障に関する情報を収集・分析する政府機関（複数形）を意味します。
often
「しばしば」「たびたび」という意味の頻度を表す副詞です。
operate
「活動する」「作動する」という意味の動詞です。
in secrecy
「秘密裏に」「内密に」という意味の熟語です。
to protect
「〜するために」という目的を表す不定詞です。
their sources and methods
「彼らの情報源と方法」という意味で、機関が用いる情報源と手法を指します。