Superficially
表面的なレベルで、うわべだけ、という意味です。
the problem
話題となっている「問題」を指します。
seemed
「～のように見えた」「～らしかった」という過去の様子を表します。
simple
「単純な」「簡単な」という形容詞です。
but
「しかし」という逆接を表す接続詞です。
it
前述の「the problem」を指します。
had
「～を持っていた」という過去の所有を表します。
deep roots
「深い根」を意味し、ここでは問題の根本原因を比喩的に表します。