Many species
「多くの種」という意味です。manyは「多くの」、speciesは「種」です。
are at risk
「危険に晒されている」という意味です。areはbe動詞、at riskは「危険な状態にある」です。
due to
「～のために」「～によって」という意味で、原因を示します。
the destruction
「破壊」という意味です。
of their natural habitats
「それらの自然生息地の」という意味です。theirは「それらの」、natural habitatsは「自然生息地」です。