Using a mind map
「マインドマップを使うこと」という行為を名詞的に表現しています。
helps
「助ける」「役立つ」という意味の動詞。「Using a mind map」が主語なので三人称単数現在のsがついています。
me
「私を」という目的語。
organize
「整理する」という意味の動詞。「help (人) (動詞の原形)」で「(人が)~するのを助ける」という形です。
my thoughts
「私の思考」「私の考え」という意味。
more clearly
「より明確に」という意味。「clearly」の比較級です。