Well
ここでは会話を始めたり、考えたりする間投詞です。「さて」「ええと」といったニュアンスです。
,
区切りを示します。
fancy
ここでは驚きや意外性を表す間投詞です。「まさか」「なんてことだ」といったニュアンスです。
him
「彼が」という意味合いで、動詞 fancy の目的語として使われています。
doing
do「する」の現在分詞形で、ここでは動名詞として「すること」という意味です。
that
「あれを」「それを」という指示代名詞の目的格です。彼がしたことを指します。
!
文の終わりを示し、驚きや強い感情を表します。