The
その(特定のものを指す冠詞)
instructions
説明書、指示
were
〜であった(be動詞の過去複数形)
so
とても
muddled
分かりにくい、ごちゃごちゃしている状態
that
〜なので(so...that構文)
I
私は
couldn't
できなかった(could notの短縮形)
figure
理解する、解決する(figure outで「解明する」「理解する」)
out
〜を外へ(figure outで「解明する」「理解する」)
what
何を
to
〜すべきか(what to ...で「何を〜すべきか」)
do.
する