The project
特定のプロジェクトを指し、「その企画」や「その事業」といった意味です。
presents
「~を提示する」「~をもたらす」という意味で、ここではプロジェクトが難易度を伴うことを示します。
an unknown difficulty
「未知の難易度」「予測できない困難さ」という意味で、中心となる表現です。
making it hard
「それを難しくしている」という意味で、前の部分の結果として生じる状況を表します。
to set a precise deadline
「正確な締め切りを設定すること」という意味です。