Taking
「取る」「連れて行く」という意味の動詞 take のing形です。ここでは主語(行為)として使われています。
that
「あの」「その」という指示代名詞または指示形容詞です。ここでは後のdecisionを指しています。
decision
「決定」「判断」を指します。
endangered
「危険にさらした」「危うくした」という意味の動詞 endanger の過去形です。
the
特定のものを指す定冠詞です。
whole
「全体の」「全部の」という形容詞です。
operation
「作戦」「手術」「運営」などを指します。ここでは作戦や業務全体を指すと考えられます。