It
前述の「Emancipation Proclamation（奴隷解放宣言）」を指す代名詞です。
did not immediately free
「直ちに解放しなかった」を意味します。「immediately」は「直ちに、すぐに」を意味する副詞です。
all enslaved people
「すべての奴隷にされた人々」を指します。「enslaved」は「奴隷にされた」という意味です。
but
「しかし」という逆接を表す接続詞です。
it changed
「それは変えた」を意味します。
the nature
「性質、本質」を意味します。
of the Civil War
「南北戦争の」という、文脈の対象を示します。