What
「何」「どのようなこと」という意味の疑問代名詞または関係代名詞です。ここでは文の主語または目的語の一部となっています。
you
「あなた」「あなたがた」を指します。ここでは例文の主語です。
did
doの過去形です。「した」という意味です。
was
be動詞（is, am, are）の過去形です。ここでは主語（What you did）の状態を表します。
just
「単に」「ほんの」という意味の副詞です。
a
単数形の数えられる名詞の前につけて、特定のものではないことを示す冠詞です。
pebble
「小石」「取るに足らないこと」という意味の名詞です。ここでは比喩的な意味で使われています。
compared
「比較すると」という意味の過去分詞または副詞句の一部です。ここではcompared to...の形で「～と比較すると」という意味になります。
to
方向や比較を示す前置詞です。
the
特定のものを指す定冠詞です。
damage
「損害」「被害」という意味の名詞です。
done
doの過去分詞です。ここではdamageを修飾し、「なされた損害」という意味になります。