The atom was once thought to be indivisible.
原子はかつて分割不可能だと考えられていました。
The
定冠詞です。「原子」という特定のものを指しています。
atom
「原子」という意味です。
was
be動詞の過去形です。主語「atom」が単数であるため「was」が使われています。
once
「かつて」「一度」という意味で、過去のある時点を表します。
thought
「考える」という意味の動詞thinkの過去分詞形です。「～と考えられていた」という受動態を形成しています。
to
不定詞を作るための前置詞です。
be
be動詞の原形です。「～である」という意味です。
indivisible
「分割できない」「不可分な」という意味です。