fundamental problem

ˌfʌndəˈmɛntl ˈprɑːbləm ファンダメンタルプロブレム

1. 物事の根幹に関わる、または解決すべき最も重要な課題や困難。

解決すべき最も基本的な、または主要な困難や課題を指します。表面的な問題ではなく、その奥にある原因や構造的な欠陥を意味することが多いです。
Lack of funding is the fundamental problem. (資金不足が根本的な問題です。)
関連
core problem
basic issue
systemic problem